Два ключевых игровых персонажа F.E.A.R. 3, контроллировать которых и придётся игрокам, по сути являют собой почти полную противоположность друг другу. Первый из них, Point Man, известный нам по прерыдущим частям серии, - это генетически усиленный боец, сильный и бесстрашный, в то время как второй, Paxton Fettel, обладает мощнейшими телекинетическими способностями, которые смогли дать ему жизнь после смерти.