Разрушительное вторжение Жнеца на Землю, начало которого можно было увидеть в анонсном видеоролике, прерывает все выяснения и разбирательства, начавшиеся вокруг Шеппарда после событий "Arrival". К его отряду присоединится множество знакомых лиц из обеих предыдущих игр, включая Лиару и Гарруса, а секретная организация "Цербер" ещё раз сыграет свою роль. На плечи этой героической команды снова обрушатся тяжкие испытания и невзгоды.